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# 1. MOODS
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cd ~
wget http://www.regulatory-genomics.org/wp-content/uploads/2016/04/MOODS_1.0.1.tar.gz
tar -zxf MOODS_1.0.1.tar.gz
cd MOODS/src
make
cd ../python
sudo python setup.py install

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# 2. RGT
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cd ~
git clone -b develop --single-branch git@github.com:CostaLab/reg-gen.git
cd reg-gen
sudo python setup.py install --rgt-data-path=~ --rgt-tool=core,motifanalysis,viz

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# 3. Pre-config rgt
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cd ~\rgtdata

# 3.1. Download Genomic Files

python setupGenomicData.py --mm9

# 3.2. Create Logo Graphs

python setupLogoData.py --jaspar-vertebrates

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# 4. Download practice folder and data
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cd ~
wget http://www.regulatory-genomics.org/wp-content/uploads/2016/04/practices.zip
unzip practices.zip
cd practices
sh download.sh